Nachdem das Schloss, sämtliche Gutsgebäude, das gesamte Dorf und die Kirche anno 1626 während des Dreißigjährigen Krieges mehrfach in Flammen aufgingen und stark verwüstet wurden, lag Angern bis Kriegsende wüst. Das Gut blieb jedoch bis 1738 im Besitz des älteren Zweigs der Familie von der Schulenburg, wobei die Besitzer zumeist nicht in Angern lebten und das Gut von einem Amtmann verwaltet wurde.
Von den Kriegsschäden erholte sich der Ort nur langsam, und zeitweise lebte keine einzige Seele vor Ort. Wegen des Mangels an Arbeitskräften war Ackerbestellung unmöglich. Auch umliegende Orte wie Wenddorf, Schricke und Kehnert wurden von den Soldaten General Fuchs' vollständig niedergebrannt. Diese Ereignisse trafen Henning (III) von der Schulenburg, der in Angern wohnte, besonders hart.
Nach ihm waren Heinrich (XI) (1621–1691), Matthias Daniel (1653–1713), Friedrich August (1672–1718) und Heinrich Hartwig (1677–1734) Besitzer von Schloss Angern. Zwischen 1693 und 1723 gehörte auch das Lehngut Mahlwinkel zum Besitz.
Laut einem Dienstbuch des Gutes aus 1674 gehörten zu dieser Zeit sechs dienstbare Kossatenhöfe in Angern zur Vergunst. Die Besitzer waren Heinrich Schmidt (Schulze), Heinrich Patze, Hans Bauer, Claus Cöppe und Hans Heinrich Triesmann. Ein weiterer Hof, der Carsten Müller gehört hatte, war zu der Zeit unbewohnt. 1676 übernahm Andreas Ritztorff den Hof, der weiterhin als "Müllers Haus" bezeichnet wurde.
Die Kossaten leisteten Handdienste: zwei Tage pro Woche, während der Erntezeit drei Tage. Zusätzlich mussten sie Harker und Binder stellen, während das Gut eigenes Gesinde und Tagelöhner beschäftigte. Freie Untertanen waren ebenfalls zu Handdiensten verpflichtet und erhielten Verpflegung, darunter warme Mahlzeiten und Bier.
Im Winter wurden Holz geschlagen, Lehmwände in Wohnungen und Ställen erneuert sowie Zäune aus Haselruten gebaut. 1677 wurde eine neue Scheune gebaut, nachdem die alte im Winter eingestürzt war. Dabei wurden Eichen aus dem Ramstedter Forst genutzt, und alle verfügbaren Männer halfen beim Bau.
Während des Spanischen Erbfolgekriegs wurde im Jahr 1705 ein Detachement des K.u.k. Böhmischen Dragoner-Regiments "Graf Paar" Nr. 2 zur Verteidigung von Schloss Angern abgestellt.
