Im Jahr 1336 verzichtete Markgraf Ludwig I. von Brandenburg auf mehrere Ortschaften, darunter Angern, das nun nicht mehr zur brandenburgischen Altmark sondern zum Erzbistum Magdeburg gehörte. Damit erneuerte der Erzbischof die Belehnung der Markgrafen mit den erzbischöflichen Gütern in der Altmark, wobei aber Wolmirstedt, Alvensleben, Rogätz, Angern und die Grafschaft Billingshoch (südlich der Ohre gelegen) ausdrücklich als Besitzungen des Erzstiftes Magdeburg anerkannt wurden. Für ihn und seine Nachfolger gingen alle Ansprüche auf Angern nebst anderen nördlich von der Ohre gelegenen - von der Belehnung ausgeschlossenen Ortschaften - damit an das Erzstift Magdeburg über. Dies ist zugleich die erste urkundliche Erwähnung des Ortes Angern.
Zur Sicherung seiner Ansprüche lässt Erzbischof Otto von Magdeburg anno 1341 eine Wasserburg auf einer wohl künstlich geschaffenen Insel bauen. Es ist nicht klar, ob es sich dabei um einen Neubau handelte, da bereits 1336 eine Burg in Angern erwähnt wird, so dass eventuell eine bereits vorhandene Anlage erweitert oder verstärkt wurde.
Topographisch gehören Wasserburgen zum Typ der Niederungsburgen. Über das Aussehen ist nur wenig überliefert. Die auch heute noch aus dem Wasser ragenden Außenmauern des Erdgeschosses der Vorburg mit ihren teilweise noch begehbaren Gewölben vermitteln eine gute Vorstellung über die Dimensionen der Burg. Ein sieben Stockwerke hoher Turm auf der zweiten Insel überragte die Burganlage. Sowohl vom Turm als auch von dem anschließenden Nebengebäude blieben nach einem Memoire des Generals Christoph Daniel von der Schulenburg im Gutsarchiv Angern die Gewölbe des Erdgeschosses erhalten und wurden in den Keller des Ostflügels des späteren Herrenhauses integriert.
Die Wasserburg wechselte mehrmals den Eigentümer. 1343 gehörte sie einem Gerlof von Brunhorcz. Ab 1363 ist der Burgherr Lüdecke von Grieben im Lehnsbesitz von Angern. Er war kein Angehöriger des bedeutenden gleichnamigen Adelsgeschlechts derer von Grieben, sondern ein Vasall derselbigen und hatte, wie damals üblich, deren Namen angenommen. Im Jahr 1370 sind Lüdecke von Grieben und zwei Söhne des Ritters Jakob von Eichendorff mit dem Ort Angern belehnt.
Ab 1373 war Ritter Gebhard von Alvensleben, auch von Klötzen genannt, Lehnsherr in Angern. Er machte vor allem durch Raubüberfälle auf Magdeburger Kaufleute von sich reden. Im Jahr 1382 belagerten Magdeburger Bürger die Burg in Angern bis Gebhard von Alvensleben ihnen die Burg für 400 Mark Silber abtrat. Erzbischof Friedrich von Magdeburg verlangte die Auslieferung des Schlosses als Lehngut des Erzstiftes; die Bürger von Magdeburg behielten es aber einstweilen im Besitz. Friedrich Graf von Hoym und Erzbischof von Magdeburg verlangte das Schloss Angern als Lehngut des Erzstiftes. Aber erst am 1. August 1384 wurde das Schloss Angern von der Stadt Magdeburg an den neuen Erzbischof Albrecht IV. gegen eine Zahlung von 900 Mark Silber übergeben.